A avaliação é feita por disciplina. As notas são atribuídas a partir de atividades síncronas, tarefas no ambiente virtual, provas, trabalhos e projetos, variando, conforme o curso e o docente. Quando não alcança a nota exigida, o discente tem direito a uma atividade de recuperação definida no projeto pedagógico do curso. Esse sistema busca garantir acompanhamento contínuo e aprendizado efetivo. Além das disciplinas, os cursos de pós-graduação da ESMPU exigem a elaboração de um Trabalho de Conclusão de Curso (TCC) em formato de artigo científico. Esse artigo deve ser inédito, abordar temas ligados às demandas do MPU e ter caráter aplicado, ou seja, propor soluções para desafios institucionais. Para concluir o curso, o aluno precisa obter nota mínima 6 no TCC, além de submetê-lo para publicação em uma revista científica Qualis B4 ou superior, comprovando à ESMPU a submissão.