A ESMPU é substituto tributário da União, Estados e Municípios nos casos em que é o contratante e o pagador do serviço prestado. Quando o docente é abrangido pela Portaria n. 251, de 6 de maio de 2011, são retidos o Imposto de Renda e o Imposto sobre Serviços (ISS). Quando o contratado não possui vínculo funcional com o Ministério Público da União ou não for enquadrado como servidor público da esfera federal, serão retidos além do IRRF e do ISS, os impostos devidos ao Instituto Nacional da Seguridade Social (INSS e INSS Patronal).